Types de données enregistrées (data records)
Les pages d’entrées pour différents types de données sont accessibles après une requête en cliquant sur les hyperliens appropriés.
Dossiers d’isolats
Une page d’entrée isolat affiche tout ce qu’on sait sur un isolat.
Chaque entrée comportera une partie ou la totalité des sections suivantes :
Projets
Ceci affiche une liste de projets dont l’isolat est membre. Seuls les projets qui ont une description complète et le drapeau “isolate_display” dans leurs paramètres seront affichés.
Métadonnées de provenance
Cette section comprend:
Champs de provenance
données internes
qui a envoyé l’isolat
qui a curé en dernier
date de création
dernières mises à jour
liens vers l’historique des mises à jour
Le lien de mise à jour affiche la page avec les moments exacts de qui a mis à jour l’entrée et quand.
Publications
Cette section comprend une citation complète pour les publications liés à l’entrée isolat. Chaque citation a un bouton qui retournera tous les isolats liés à la publication.
S’il y a cinq références ou plus, elles seront cachées par défaut pour éviter d’encombrer trop la page. Cliquez sur le bouton “Show/hide” pour les afficher dans ce cas.
Résumé de la corbeille à séquence (sequence bin)
Cette section contient des statistiques de base décrivant la corbeille à séquence. En cliquant sur le bouton “Show sequence bin”, vous êtes dirigés vers l’enregistrement sequence bin record.
Données relatives aux schémas et loci
Un arbre hiérarchique affiche les schémas disponibles. Cliquez sur les nœuds internes pour les agrandir.
Cliquez sur n’importe quel nœud terminal affichera les données disponibles pour un schéma ou un groupe de schémas.
Cliquer sur un numéro d’allèle dans le profil du schéma, affichera l’enregistrement de définition approprié allele definition record. Cliquer sur le lien vert “S” affichera l’enregistrement approprié sequence tag record.
Enregistrements de définition d’allèle
Un enregistrement de définition d’allèle affiche des informations sur un allèle défini dans une base de données de définition de séquences (seqdef).
Si l’allèle est membre d’un profil de schéma, par exemple MLST, ceci sera listé. Dans ce cas, il y aura un bouton pour afficher tous les profils de ce schéma qui contiennent l’allèle.
De même, si une base de données client database a été configurée pour la base de données et que l’allèle a été identifié dans un isolat, il y aura un bouton pour afficher tous les isolats qui ont cet allèle.
Enregistrements des étiquettes (tags) de séquence
Un enregistrement d’étiquette de séquence affiche des informations sur l’emplacement dans un contig d’une région associée à un locus. La séquence des nucléotides sera affichée en amont et en aval. La longueur de ces séquences flanquantes peut être modifiée à l’aide de general options.
Si le tag est pour un locus ADN marqué comme une séquence codante, la traduction dans les trois phases sera également affichée.
Enregistrements de profils
Un enregistrement de profil affiche des informations sur un profil de schéma, par exemple MLST. Chaque numéro d’allèle dans le profil sera un hyperlien. En cliquant dessus, vous obtiendrez l’enregistrement approprié allele definition record.
Si une base de données client database a été configurée pour la base de données et qu’un isolat a le profil, il y aura un bouton pour afficher tous les isolats qui ont le profil.
Enregistrements des corbeilles à séquence
Un enregistrement de corbeilles à séquence contient des renseignements sur les contigs associés à une entrée isolat. Cela comprend:
Nombre de contigs
Longueur totale
Longueur minimale
Longueur maximale
Valeurs N50, N90 et N95
Graphiques de distribution des tailles
Les graphiques montrent la répartition des tailles de contig et la longueur cumulée des contig par rapport au nombre de contigs, ce qui donne une indication de la taille des contigs.
L’enregistrement comprend un navigateur de génome intégré montrant les positions de tout locus qui a été étiqueté.
Il y a aussi des liens pour télécharger les contigs au format FASTA, Genbank ou EMBL, ainsi qu’une annotation au format GFF3.
Enfin, il y a un tableau qui montre les loci qui sont marqués sur chaque contig. Les contigs individuels peuvent également être téléchargés au format EMBL ou Genbank.