GrapeTree

GrapeTree est un outil pour générer et visualiser des minimum spanning trees (arbre couvrant minimum). Il a été développé pour traiter de grands jeux de données (milliers de génomes) et fonctionne avec des milliers de loci utilisés en cgMLST. Il utilise un algorithme amélioré qui est mieux en mesure de traiter les données manquantes que les algorithmes alternatifs et est capable de produire des images de qualité pour les publications. Les jeux de données peuvent comprendre des métadonnées qui permettent aux nœuds de l’arbre d’être colorés de façon interactive.

Vous pouvez accéder à GrapeTree en sélectionnant la section “Analysis” de la page de contenu principale.

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Aller à la catégorie “Third party”, suivre le lien vers GrapeTree, puis cliquez sur “Launch GrapeTree”.

Vous pouvez accéder à GrapeTree depuis la page de contenu en cliquant sur le lien “GrapeTree”.

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On peut également y accéder à la suite d’une requête en cliquant sur le bouton “GrapeTree” en bas du tableau de résultats. Les isolats retournés à partir de la requête seront automatiquement sélectionnés dans l’interface GrapeTree.

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Sélectionnez les isolats à inclure. L’arbre peut être généré à partir de profils alléliques de n’importe quelle sélection de loci, ou plus commodément, vous pouvez sélectionner un schéma dans le sélecteur de schéma, ou choisir parmi les schémas recommandés si ceux-ci ont été définis, pour inclure tous les loci appartenant à ce schéma.

D’autres champs peuvent être sélectionnés pour être inclus comme métadonnées à utiliser pour colorer les nœuds - sélectionnez les champs que vous souhaitez inclure. Enfin, vous pouvez choisir la méthode d’analyse parmi les suivantes:

  • MSTreeV2 - Arbre couvrant minimum amélioré pour mieux gérer les données manquantes (par défaut)

  • MSTree - Arbre couvrant minimum classique semblable à PhyloViz

  • NJ - FastME V2 Neighbour-joining tree

  • RapidNJ - RapidNJ Neighbour-joining tree pour très gros ensembles de données

Cliquez sur “Submit” pour lancer l’analyse.

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Le job sera envoyé à la file d’attente. Une fois terminé, cliquez sur le bouton “Launch GrapeTree”.

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L’arbre généré sera rendu dans la page d’application GrapeTree.

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L’image peut être modifiée de différentes façons. Il s’agit notamment de modifier la disposition de l’arbre, de personnaliser les étiquettes et la taille des nœuds, de modifier les longueurs des branches et de fusionner les branches. L’image peut être enregistrée au format SVG qui peut être éditée dans un logiciel d’édition d’images comme Inkscape.

Par exemple, l’arborescence cgMLST par défaut (ci-dessus) a été modifiée (ci-dessous) comme suit :

  • Nœuds colorés par complexe clonal

  • Étiquettes (labels) retirées

  • Branches fusionnées si <=100 loci différents

  • Taille du nœud fixée à 200%

  • Kurtosis (taille du noeud par rapport au nombre d’isolats) fixée à 75%

  • Le rendu dynamique a été exécuté pour déployer les nœuds

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Full details can be found in the GrapeTree manual.

Note

GrapeTree a été décrit dans la publication suivante:

Z Zhou, NF Alikhan, MJ Sergeant, N Luhmann, C Vaz, AP Francisco, JA Carrico, M Achtman (2018) GrapeTree: Visualization of core genomic relationships among 100,000 bacterial pathogens. Genome Res 28:1395-1404.