Kaptive
Kaptive est un outil pour le typage des polysaccharides de surface à partir de séquences génomiques, spécifiquement pour Klebsiella et Acinetobacter baumannii bien qu’il puisse être étendu pour d’autres organismes. Ce plugin est un wrapper qui exécute Kaptive pour des isolats sélectionnés, sort les résultats et les stocke dans la base de données afin qu’ils puissent être affichés dans la page d’information des isolats.
En général, Kaptive n’est disponible que sur les bases de données contenant des données appropriées, c’est-à-dire des isolats de Klebsiella ou d” Acinetobacter baumannii.
La documentation pour Kaptive peut être consultée à l’adresse https://kaptive.readthedocs.io/fr/latest/.
Si vous utilisez les résultats de Kaptive, vous devez citer :
Stanton TD, Hetland MAK, Löhr IH, Holt KE, Wyres KL. Fast and Accurate in silico Antigen Typing with Kaptive 3 Microb Genom. 2025 11(6):001428. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001428
Si vous utilisez les bases de données des loci K ou O de Klebsiella, vous devez également citer:
Wyres, K.L., Wick, R.R., Gorrie, C., Jenney, A., Follador, R., Thomson, N.R., Holt, K.E., 2016. Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data. Microbial Genomics 2, e000102. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000102
Lam, M.M.C., Wick, R.R., Judd, L.M., Holt, K.E., Wyres, K.L., 2022. Kaptive 2.0: updated capsule and lipopolysaccharide locus typing for the Klebsiella pneumoniae species complex. Microbial Genomics 8. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000800
Si vous utilisez les bases de données des loci K ou OC de A. baumannii , veuillez également citer:
Wyres, K.L., Cahill, S.M., Holt, K.E., Hall, R.M., Kenyon, J.J., 2020. Identification of Acinetobacter baumannii loci for capsular polysaccharide (KL) and lipooligosaccharide outer core (OCL) synthesis in genome assemblies using curated reference databases compatible with Kaptive. Microbial Genomics 6. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000339
Cahill, S.M., Hall, R.M., Kenyon, J.J., 2022. An update to the database for Acinetobacter baumannii capsular polysaccharide locus typing extends the extensive and diverse repertoire of genes found at and outside the K locus. Microbial Genomics 8. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000878
On peut accéder à Kaptive en sélectionnant la section “Analysis” de la page de contenu principale.
Jump to the ‘Third party’ category, follow the link to Kaptive, then click ‘Launch Kaptive’.
Il est possible d’y accéder également, à la suite d’une requête, en cliquant sur le bouton “Kaptive” ou “Kleborate” dans la liste “Third party” en bas du tableau de résultats. Veuillez noter que la liste des fonctions disponibles ici peut varier selon la configuration de la base de données.
Sélectionnez les entrées isolats à analyser - celles-ci seront présélectionnées si vous avez accédé au plugin suite à une requête.
Cliquez sur Submit.
L’analyse sera soumise à la file d’attente.
Une fois le job terminé, vous verrez des fichiers disponibles au téléchargement dans des formats de texte et Excel, ainsi que des fichiers SVG contenant une visualisation de chaque locus.
