Kleborate

Kleborate est un outil utilisé pour analyser les assemblages génomiques du complexe d’espèces de Klebsiella pneumoniae (KpSC) pour :

  • Séquençotype MLST

  • espèces (p. ex. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. varicola, etc.)

  • Loci de virulence associés à ICEKp : yersiniabactine (ybt), colibacine (clb), salmochéline (iro), hypermucosité (rmpA)

  • Loci plasmidiques associés à la virulence : salmochéline (iro), aérobactine (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)

  • déterminants de la résistance antimicrobienne: gènes acquis, SNPs, troncations de gènes et β-lactamases intrinsèques

  • Prédiction du sérotype K (capsule) et de l’antigène O (LPS), via les allèles wzi et Kaptive.

Kleborate and Kaptive are described in Lam et al. 2021 Nat Commun 12: 4188 (PubMed: 34234121) and Lam et al. 2022 Microb Genom 8: 000800 (PubMed: 35311639) respectively.

Kleborate ne sera généralement disponible que dans les bases de données contenant des données appropriées, c’est-à-dire Klebsiella ou Escherichia coli.

La fonction est accessible en sélectionnant la section “Analysis” sur la page principale du contenu

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Allez à la catégorie ‘Third party’, suivez le lien vers Kleborate, puis cliquez sur ‘Launch Kleborate’.

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On peut également y accéder à la suite d’une requête en cliquant sur le bouton ‘Kleborate” dans la liste “Third party” en bas du tableau de résultats. Veuillez noter que la liste des fonctions ici peut varier selon la configuration de la base de données.

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Sélectionnez les entrées isolats à analyser - celles-ci seront présélectionnées si vous avez accédé au plugin suite à une requête. Vous pouvez alors choisir l’analyse à exécuter:

  • Criblage basique pour l’espèce, MLST et les loci de virulence

  • Comme ci-dessus, et aussi activer la recherche des gènes de résistance (–résistance)

  • Comme ci-dessus, et aussi activer la recherche des loci d’antigènes K & O (–tous)

Cliquez sur submit.

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L’analyse sera soumise à la file d’attente.

Une fois le travail terminé, vous verrez un tableau de résultats qui est également disponible pour le téléchargement dans les format texte et Excel.

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