PhyloViz

Phylo Viz En ligne est un outil pour générer et visualiser des arbres à portée minimale. Les ensembles de données peuvent comprendre des métadonnées qui permettent aux nœuds de l’arbre résultant d’être colorés de façon interactive.

On peut accéder à PhyloViz en sélectionnant la section « Analyse » sur la page de contenu principale.

Sautez dans la catégorie “Tiers”, suivez le lien vers PhyloViz, puis cliquez sur “Launch PhyloViz”.

On peut également y accéder à la suite d’une requête en cliquant sur le bouton “PhyloViz” en bas du tableau de résultats. Les isolats retournés de la requête seront automatiquement sélectionnés dans l’interface PhyloViz.

Sélectionnez les isolats à inclure. L’arbre peut être généré à partir de profils alléliques de n’importe quelle sélection de loci, ou plus commodément, vous pouvez sélectionner un schéma dans le sélecteur de schéma pour inclure tous les loci appartiennent à ce schéma.

Les champs Provenance peuvent être sélectionnés pour être inclus comme métadonnées à utiliser dans les nœuds de coloration - sélectionnez les champs que vous souhaitez inclure. Plusieurs sélections peuvent être faites en maintenant Shift ou Ctrl enfoncé pendant la sélection. Cliquez sur “Soumettre” pour démarrer l’analyse.

Les fichiers nécessaires seront générés immédiatement. Une fois cela terminé, cliquez sur le bouton lancer “Launch PhyloViz”.

L’arbre sera envoyé et rendu sur le site PhyloViz.

Voir plus d’informations sur la manipulation de l’arbre sur le site PhyloViz.