Microreact
Microreact est un outil de visualisation pour l’épidémiologie génomique et la phylogéographie. Les noeuds individuels d’un arbre affiché sont reliés à des noeuds sur une carte géographique et/ou une chronologie, ce qui rend apparente toute relation spatiale et temporelle entre les isolats.
Le plugin Microreact génère des arbres Neighbour-joining à partir de séquences concaténées pour toute sélection de loci ou de schémas et les téléverse, ainsi que les valeurs de champ de pays et d’année, sur le site Web Microreact.
Note
Alors que Microreact est capable d’afficher des isolats en utilisant les coordonnées GPS, le plugin BIGSdb est actuellement limité au niveau du pays.
On peut y accéder en sélectionnant la section “Analysis” de la page de contenu principale.
Jump to the “Third party” category, follow the link to Microreact, then click “Launch Microreact”.
On peut également y accéder à la suite d’une requête en cliquant sur le bouton “Microreact” au bas du tableau de résultats. Les isolats retournés de la requête seront automatiquement sélectionnés dans l’interface du plugin Microreact.
Sélectionnez les isolats à inclure. L’arbre peut être généré à partir de profils alléliques de n’importe quelle sélection de loci, ou plus commodément, vous pouvez sélectionner un schéma dans le sélecteur de schéma, ou d’une liste de schémas recommandés si ceux-ci ont été définis, pour inclure tous les loci appartenant à ce schéma.
D’autres champs peuvent être sélectionnés pour être inclus comme métadonnées - sélectionnez les champs que vous souhaitez inclure. Plusieurs sélections peuvent être faites en maintenant la touche majuscule ou ctrl pendant la sélection. Cliquez sur “Submit” pour lancer l’analyse.
Le job sera envoyé à la file d’attente. Une fois terminé, cliquez sur le bouton “Launch Microreact”.
L’arbre généré sera téléversé sur le site Web de Microreact et affiché. En cliquant sur n’importe quel noeud, vous afficherez sa position dans l’arborescence, la carte et la chronologie. Un noeud sur la carte peut correspondre à plusieurs nœuds dans l’arbre ou la chronologie.
