Microreact
Microreact est un outil de visualisation pour l’épidémiologie génomique et la phylogéographie. Les noeuds individuels d’un arbre affiché sont reliés à des noeuds sur une carte géographique et/ou une chronologie, ce qui rend apparente toute relation spatiale et temporelle entre les isolats.
The Microreact plugin generates trees calculated from either concatenated sequence alignments or from allelic profiles of selected loci (or the loci belonging to a particular scheme). Neighbour-joining trees (generated by ClustalW) and Approximately-Maximum Likelihood trees (generated by FastTree) are supported from concatenated sequences. Neighbour-joining trees using RapidNJ (as implemented in GrapeTree) are supported for profiles. These trees are then sent together with country and year field values to the Microreact website for display.
Note
Alors que Microreact est capable d’afficher des isolats en utilisant les coordonnées GPS, le plugin BIGSdb est actuellement limité au niveau du pays.
The function can be accessed by expanding the “Analysis” section on the main contents page.
On peut également y accéder à la suite d’une requête en cliquant sur le bouton “Microreact” au bas du tableau de résultats. Les isolats retournés de la requête seront automatiquement sélectionnés dans l’interface du plugin Microreact.
Sélectionnez les isolats à inclure. L’arbre peut être généré à partir de profils alléliques de n’importe quelle sélection de loci, ou plus commodément, vous pouvez sélectionner un schéma dans le sélecteur de schéma, ou d’une liste de schémas recommandés si ceux-ci ont été définis, pour inclure tous les loci appartenant à ce schéma.
Additional fields can be selected to be included as metadata for use in colouring nodes - select any fields you wish to include. Click “Submit” to start the analysis.
Le job sera envoyé à la file d’attente. Une fois terminé, cliquez sur le bouton “Launch Microreact”.
L’arbre généré sera téléversé sur le site Web de Microreact et affiché. En cliquant sur n’importe quel noeud, vous afficherez sa position dans l’arborescence, la carte et la chronologie. Un noeud sur la carte peut correspondre à plusieurs nœuds dans l’arbre ou la chronologie.
