Recherche dans les séquences pour déterminer l’identité d’allèles
Les requêtes de séquence sont effectuées dans la base de données de définition de séquence (seqdef). Cliquez sur la requête “Single sequence” de la page de contenu.
Coller votre séquence dans la boîte - il n’est pas nécessaire d’élaguer. Souvent, vous pouvez laisser le réglage du locus sur “All loci” - le logiciel devrait identifier le locus correct en fonction de votre séquence. Toutefois, en particulier dans les bases de données comportant un grand nombre de locus définis, il peut être plus rapide de choisir le locus ou le schéma spécifique (par exemple MLST) auquel un locus appartient.
Note
Si le locus que vous interrogez est une version plus courte d’un autre, par exemple un fragment MLST d’un gène où le gène de pleine longueur est également défini, vous devrez sélectionner le locus spécifique ou le schéma dans la boîte déroulante. Laisser la sélection sur “All loci” retournera une correspondance avec la séquence la plus longue de préférence à la plus courte.
Cliquez sur “Submit”.
Si une correspondance exacte est trouvée, cela sera indiqué avec la position de début du locus dans votre séquence.
Si on ne trouve qu’une correspondance partielle, l’allèle le plus semblable est identifié avec la ou les différence(s) de nucléotides. Les différentes positions des nucléotides sont numérotées par rapport à la séquence collée et à la séquence de référence. La position de départ du locus dans votre séquence est également indiquée.
Comme alternative à coller une séquence dans la boîte, vous pouvez également choisir de téléverser des séquences au format FASTA en cliquant sur le bouton de recherche de fichier.
Interroger les séquences de génome entier
La requête de séquence ne se limite pas aux gènes uniques. Vous pouvez également coller ou téléverser des génomes entiers - ceux-ci peuvent être dans plusieurs contigs. Si vous sélectionnez un schéma spécifique dans la zone déroulante, tous les loci appartenant à ce schéma seront vérifiés (bien que seules les correspondances exactes soient déclarées pour un locus si l’un des autres loci a une correspondance exacte). Si tous les loci sont trouvés avec un allèle existant, les champs de schéma seront également retournés si ces derniers sont définis. Cela vous permet, par exemple, d’identifier le séquençotype MLST d’un génome en une seule étape.
Interroger plusieurs séquences pour identifier les identités des allèles
Vous pouvez également interroger des séquences mutiples ensemble. Elles devraient être en format FASTA. Cliquez sur “Batch sequences” à partir de la page de contenu.
Coller vos séquences (format FASTA) dans la boîte. Sélectionnez un locus, un schéma ou “All loci”.
La meilleure correspondance sera affichée pour chaque séquence de votre fichier. Si ce n’est pas une correspondance exacte, les différences seront listées.
