Identification des définitions de profil allélique
Pour des schémas tels que MLST, vous pouvez interroger des combinaisons alléliques pour identifier le séquençotype (ou plus généralement, la clé primaire du profil).
Cliquez sur le lien “By allelic profile” dans la section “Search for allelic profiles” d’une page de définition de séquence.
Si plusieurs schémas sont définis dans la base de données, vous devez sélectionner le schéma que vous souhaitez rechercher.
Saisissez une combinaison de valeurs alléliques (vous pouvez saisir un profil partiel si vous le souhaitez).
Alternativement, vous pouvez automatiquement remplir un profil en entrant une valeur pour le champ clé primaire du schéma (par exemple ST) et en cliquant sur “Autofill”.
Pour trouver la correspondance la plus proche ou exacte, laissez la case de recherche sur “Exact or nearest match” et cliquez sur “Submit”. Le meilleur résultat sera affiché.
Alternativement, si vous souhaitez trouver tous les profils qui correspondent au profil de la requête par au moins un nombre défini de loci, sélectionnez la valeur appropriée dans la boîte déroulante de recherche, par exemple “4 or more matches” affichera les profils associés qui partagent au moins 4 allèles avec la requête.
Recherche de profils par lots
Pour rechercher les définitions de schéma, par exemple le séquençotype pour plusieurs profils, cliquez sur “In a batch” dans la section “Search for allelic profiles” de la page de contenu de définition de séquence.
Si plusieurs schémas sont définis dans la base de données, vous devez sélectionner le schéma que vous souhaitez rechercher.
Copier et coller les données d’un tableur. La première colonne est l’identifiant d’enregistrement, et les colonnes restantes sont les allèles pour chaque locus dans l’ordre standard défini pour le schéma. Il y a des liens vers l’ordre des colonnes qui peut être utilisé comme ligne d’en-tête pour votre tableur et vers des exemples de données.
Cliquez sur “Submit” après avoir collé les données.
Un tableau de résultats sera affiché.
