Recherche de définitions d’allèles spécifiques

Il existe deux pages de requête qui permettent de rechercher des définitions d’allèles spécifiques. La première permet d’interroger tous les loci ensemble par des critères communs à tous. La seconde est une requête d’attribut spécifique à un locus qui peut rechercher sur tous les attributs étendus qui peuvent être définis pour un locus. Cette requête spécifique vous permet également de coller dans des listes d’allèles pour téléchargement ou analyse.

Recherche d’attributs de séquence générale (tous loci)

Pour récupérer des désignations d’allèles spécifiques, cliquez sur “By specific criteria” dans la section “Find alleles” sur une page de contenu de la base de données de définition de séquences.

Entrez votre requête en utilisant la zone de recherche déroulante - des termes supplémentaires peuvent être ajoutés en cliquant sur le bouton “+”.

Les désignations peuvent être demandées en utilisant standard operators.

Cliquez sur “Search”.

Cliquez sur les résultats hyperliens pour afficher les allèles.

Divers critères de recherche peuvent également être sélectionnés en combinant avec des filtres. Cliquez sur l’en-tête du filtre pour les afficher.

Recherche d’attributs de séquence spécifiques à un locus

Certains loci ont extended attribute fields. Pour les interroger, cliquez sur “By locus” dans la section “Find alleles” sur une page de contenu de la base de données de définition de séquences.

Choisissez le locus requis dans la boîte déroulante.

Les champs spécifiques pour ce locus seront ajoutés aux zones de requête déroulantes.

Le formulaire de requête peut être modifié en cliquant sur l’onglet “Modify form options” :

Une boîte de liste peut être ajoutée en cliquant sur le bouton “Show” pour “Allele id list box”.

Fermez l’onglet de modification de formulaire et vous pouvez maintenant entrer une liste d’identifiants allèles pour les récupérer.

Diverses options d’analyse et d’exportation seront disponibles sur les séquences récupérées. Elles comprennent la sortie FASTA et l’analyse Locus Explorer.