Bacterial Isolate Genome Sequence Database (BIGSdb)
Annotation et analyse populationnelle gène par gène
BIGSdb est un logiciel conçu pour stocker et analyser des données de séquences provenant d’isolats bactériens. Un nombre illimité de séquences peut être associé aux fiches d’isolats celles-ci peuvent aller de petits contigs assemblés à partir de séquençage par didéoxy jusqu’à des génomes entiers (complets ou constitués de plusieurs contigs générés par des technologies de séquençage parallèles telles qu’Illumina ou Oxford Nanopore).
BIGSdb étend le principe du MLST aux données génomiques, où un grand nombre de loci peuvent être définis, avec des allèles attribués par référence à des bases de données de définition de séquences (qui peuvent également être configurées avec BIGSdb). Les loci peuvent aussi être regroupés en schémas afin que des types puissent être définis par des combinaisons de profils allélique, un concept analogue au MLST.
Le logiciel a été publié sous la licence publique générale GNU version 3. La dernière version de cette documentation est disponible à l’adresse suivante : https://bigsdb.readthedocs.org/.
- Concepts et définitions
- BIGSdb dependencies
- Installation and configuration of BIGSdb
- Software installation
- Configuring PostgreSQL
- Setting global connection parameters
- Site-specific configuration
- Setting up the offline job manager
- Setting up the submission system
- Setting up a site-wide user database
- Periodically delete temporary files
- Prevent preference database getting too large
- Log file rotation
- Upgrading BIGSdb
- Running the BIGSdb RESTful interface
- Enabling database logging of web and API access
- Enabling isolate embargoes
- Database setup
- Creating databases
- Database-specific configuration
- XML configuration attributes used in config.xml
- Over-riding global defaults set in bigsdb.conf
- Over-riding values set in config.xml
- Setting field validation rules
- Sparsely-populated fields
- Analysis fields
- Kiosk mode
- User authentication
- Setting up the admin user
- Retrieving PubMed citations from NCBI
- Configuring access to remote contigs
- Setting up front-end and query dashboards
- Administrator’s guide
- Types of user
- User groups
- Curator permissions
- Locus and scheme permissions (sequence definition database)
- Controlling access
- Setting user passwords
- Setting the first user password
- Enabling plugins
- Temporarily disabling database updates
- Host mapping
- Improving performance
- Dataset partitioning
- Setting a site-wide users database
- Adding new loci
- Defining locus extended attributes
- Defining locus amino acid variants or single-nucleotide polymorphisms
- Defining schemes
- Organizing schemes into hierarchical groups
- Setting up client databases
- Workflow for setting up a MLST scheme
- Automated assignment of scheme profiles
- Scheme profile clustering - setting up classification schemes
- Defining new loci based on annotated reference genome
- Setting up LINcode definitions for cgMLST schemes
- Genome filtering
- Setting locus genome positions
- Defining composite fields
- Extended provenance attributes (lookup tables)
- Sequence bin attributes
- Checking external database configuration settings
- Exporting table configurations
- Authorizing third-party client software to access authenticated resources
- BLAST caches
- Config-specific file downloads
- Curator’s guide
- Adding new sender details
- Adding new allele sequence definitions
- Updating and deleting allele sequence definitions
- Retiring allele identifiers
- Un-retiring allele identifiers
- Updating locus descriptions
- Adding new scheme profile definitions
- Updating and deleting scheme profile definitions
- Retiring scheme profile identifiers
- Un-retiring scheme profile identifiers
- Adding isolate records
- Updating and deleting single isolate records
- Batch updating multiple isolate records
- Deleting multiple isolate records
- Retiring isolate identifiers
- Un-retiring isolate identifiers
- Setting alternative names for isolates (aliases)
- Linking isolate records to publications
- Uploading sequence contigs linked to an isolate record
- Batch uploading sequence contigs linked to multiple isolate records
- Linking remote contigs to isolate records
- Automated web-based sequence tagging
- Projects
- Isolate record versioning
- Populating geographic coordinate lookup values
- Curating data submitted via the automated submission system
- Offline curation tools
- Definition downloads
- Types de données enregistrées (data records)
- Requêtage des données
- Recherche dans les séquences pour déterminer l’identité d’allèles
- Interroger plusieurs séquences pour identifier les identités des allèles
- Recherche de définitions d’allèles spécifiques
- Recherche de profiles
- Recherche de définitions de profiles
- Identification des définitions de profil allélique
- Recherche de profils par lots
- Rechercher des différences entre allèles
- Rechercher des données d’isolats
- Interroger les données sur les isolats
- Enregistrer une requête d’isolat (créer un signet)
- Recherche d’isolats par publication
- Options configurables par l’utilisateur
- Projets utilisateurs
- Entrées privées
- Data analysis plugins
- BLAST
- BURST
- Codon usage
- Field breakdown
- Gene Presence
- GeneScanner
- Genome comparator
- GrapeTree
- In silico PCR
- Interactive Tree of Life (iTOL)
- Kaptive
- Kleborate
- LINtree
- LINvis
- Locus explorer
- Microreact
- PhyloViz
- PlasmidFinder
- Polymorphisms
- Species identification
- ReporTree
- Reports
- Sequence bin breakdown
- SNPsites
- Two field breakdown
- Unique combinations
- Data export plugins
- Soumission de données à l’aide du système de soumission
- RESTful Application Programming Interface (API)
- Frequently asked questions (FAQs)
- Appendix
- Database schema